政府推動兩岸簽署ECFA，這是否會進一步達成對岸撤除瞄準台灣飛彈的目標，馬英九總統19日在中外記者會上表示，兩岸簽署ECFA之後會朝向和平、繁榮的方向發展，屆時如果大陸還是有飛彈對準台灣，不僅是我們，連大陸民眾都會覺得很奇怪。馬總統說：『(原音)兩岸經濟協議之後，雙方的經貿關係一定會變得更密切，雙方的往來會更多，進出口都會增加，所呈現的是一個和平跟繁榮的畫面，到那個時候大陸還有1千多枚飛彈對著台灣，這個畫面就非常不協調，我相信不但是我們有這個感覺，我相信有越來越多大陸人民也會有這個感覺，更不用說我們的友邦，包括美國、日本都會有這個感覺。』
馬總統也表示，台灣不會因為兩岸經濟合作密切而輕忽大陸對台灣的威脅。他強調，政府爭取美國軍售F-16C/D和潛艦的決心沒有改變，這些都是為了展現自我防衛的決心。
馬總統說，國家資源有限，不可能花費金錢投入軍備競賽，政府會把經費做最好的配置，建構小而精、小而強、小而巧的防衛力量，採取防衛部署、有效嚇阻，提高中國大陸可能進犯台灣要付出的代價。
馬總統也說，在他任內都不會與中國大陸談論任何有關統一的問題。他說：『(原音)我的兩岸政策在我上任之前就說得非常清楚，不統、不獨、不武，我的整個大架構是中華民國憲法，因此我已經講得非常清楚，我在我任內，不管是4年還是8年都不會跟大陸談判任何有關統一的問題。』
日前媒體報導，前國安會秘書長蘇起指出，兩岸之間確實有秘密管道，馬總統也表示，從中央到地方，兩岸之間有非常多的聯繫管道，但是只有海基會與海協會才是具有公信力與拘束力的唯一管道。
